Entorno de usuario

Todos los sistemas que conforman Caléndula (Cluster MPI, Cluster Memoria Compartida y Cluster GPU’s) se encuentran en un ecosistema de software similar para facilitar su utilización. El sistema operativo de todas las máquinas es Red Hat Enterprise Linux HPC, y en todas tiene la misma configuración, tanto del sistema operativo como librerías y utilidades.

El gestor de colas es SGE, y todo trabajo debe ser enviado a una cola para su ejecución. Cuando un usuario se da de alta en Caléndula, se le indica a qué colas está autorizado a enviar trabajos. El usuario debe tener en cuenta :

• Existen colas para diferentes necesidades.
• No se deben ejecutar trabajos en interactivo. Para ello existen “colas interactivas”, que permiten trabajar de la misma forma pero sin sobrecargar los frontends de usuario.
• El esquema de autenticación es LDAP, y es común a los diferentes cluster de que consta Caléndula, por lo que sólo es necesaria una cuenta para la utilización de todos los subsistemas.
• Los nodos de cálculo no permiten el acceso interactivo de los usuarios.
• Los espacios de almacenamiento de usuario están montados en todos los nodos en la misma ubicación.

Los usuarios trabajan en los frontends de usuario, a los que pueden acceder por ssh. El frontend de usuario es un cluster en alta disponibilidad de dos sistemas HP Proliant DL380, y su dirección es calendula.fcsc.es. Mediante un algoritmo round-robin se accede consecutivamente a cada nodo.

El directorio home del usuario está montado en los frontends (en /home/grupo/usuario) y en todos los nodos de todos los clusters.

El sistema tiene muchos programas de aplicación en diferentes campos de la ciencia instalados que pueden ser utilizados por cualquier usuario. Se recomienda consultar la lista y el manual de uso de los mismos.

Para los usuarios que necesiten compilar sus propias aplicaciones, pueden hacerlo con los compiladores estándar de Linux (gcc/g77) y los compiliadores Intel Fortran e Intel C/C++. Además, están instaladas diversas utilidades para optimización de código para estos últimos, así como librerías MKL.